Het Twaalfjarig Bestand was een rustpunt in de 80-jarige oorlog. Het werd in 1609 te Antwerpen 'ondertekend' tussen de Noordelijke Nederlanden en landvoogd aartshertog Albert van Oostenrijk namens Spanje. Het bestand was zeer gunstig voor het noorden. Alle territoriale gebieden die het noorden tot dan toe had veroverd bleven bij het noorden, en de Schelde bleef gesloten voor het zuiden. Er brak een periode van rust, er ontstond opnieuw ondernemerschap en er werd naarstig gwerkt aan de herieuwde inpoldering van door oorlog verloren 'land'.
De lijst is lang: Albertpolder (ten noorden van Sas van Gent,  genoemd naar aartshertog Albert), de Isabellapolder (Boekhoute vlakbij Philippine), Zuiddorpsepolders, Catspolder (Terneuzen), Capellepolder (vlakbij Axel), Oud-Westenrijkpolder,  Zeven Triniteitspolder, Serlippenspolder (alledrie in de buurt van Terneuzen), Autrichepolder en Sint-Bernadpolder.

Na het Twaalfjarig Bestand brak opnieuw een onrustige periode aan, die zou duren tot de Vrede van Münster in 1648. De animo om in te polderen daalde dan ook. Toch waren er een paar inpolderingen.
In 1644 veroverde Frederik Hendrik van de Noordelijke Nederlanden Sas van Gent. Dat was een (economische) ramp voor Gent dat afgesloten werd. Ook Antwerpen werd zwaar geraakt aangezien men de Westerschelde afsloot.
De Sint-Franciespolder en Sint-Elooipolder passen in dit plaatje. De kleine Sint-Franciespolder, die vandaag op Vlaams grondgebied ligt, werd gecreëerd voor defensieve doeleinden, namelijk om de Spaane forten in stand te houden bij aanvallen uit het noorden. Bij de veroverering van Sas van Gent werd beide polders geïnundeerd. Later zouden nieuwe herdijkingen plaatsvinden (Sint-Elooipolder in 1652, Sint-Franciespolder pas in1709).