In 1970 ontstond het havenschap Terneuzen opgericht, een samenwerkingsverband van bedrijven. Vlissingen volgde in 1971 met het havenschap Vlissingen. Binnen die constructies werkten gemeenten, Provincie en Rijk samen. In 1994 liet het Rijk weten de deelname in de Zeeuwse havenschappen te willen beëindigen. Er ontstond een fusieproces en per 1 januari 1998 ontstond zo het havenschap Zeeland Sea Ports.

Sinds 2018 bundelen de havens van Gent, Terneuzen en Vlissingen hun krachten. Er waren al eerder gesprekken gevoerd over een mogelijke fusie maar uiteindelijk was het een rapport van McKinsey dat heel overtuigend vaststelde dat 'de fusie al tien jaren eerder had moeten gebeuren'.

Gent wordt met ruim 48% de grootste aandeelhouder en de provincie Zeeland krijgt 25% van de aandelen, beide behouden hun vetorecht. Andere aandeelhouders worden de Nederlandse gemeenten Terneuzen, Borsele, Vlissingen, alle drie met een belang van 8,33%, de provincie Oost-Vlaanderen met 1,44% en de gemeenten Evergem en Zelzate met 0,03% en 0,005%.In december 2017 werden de noodzakelijke handtekeningen geplaatst en gaan de havenbedrijven in 2018 verder onder de naam North Sea Port.