Het Handelsdok werd in diezelfde periode onder handen genomen. Het lossen van de schepen gebeurde in het water. Dat hinderde de aanvoer van hout en andere activiteiten in het dok. Het Handelsdok werd verbreed en aansluitend werd een nieuw dok aangelegd, het Houtdok. Daar kwamen grote loodsen waar het hout voortaan netjes kon worden gestapeld. In 1881 huldigde koning Leopold II het Houtdok officieel in.

Snel daarna werd het Handelsdok nog eens verbreed en werd nu ook het Achterdok, dicht bij de Dampoort, van een kaaimuur voorzien. Vanaf dan begon de haven zich in noordelijke richting uit te breiden. In 1886 was de Voorhaven klaar. Om te voorzien in de stijgende behoefte aan havendokken werd in 1900 een uitbreidingsplan aangenomen. Zo kwam het Grootdok (1900-1930) tot stand met 3 vingerdokken (of Darsen): het Noorddok (1908-1913), het Middendok (1910-1925) en het Zuiddok (1927-1930). Deze uitbreiding kreeg ook de naam Port Arthur.

De economische crisis in de jaren ’30 van de vorige eeuw deed de uitbreidingswerken aan de haven tot na de tweede wereldoorlog stilvallen. In de tweede helft van de 20e eeuw begonnen de havenactiviteiten zich stilaan te verplaatsen van het gebied rond de Oude Dokken naar de nieuwe haven. Schepen werden nog groter, rond de Oude Dokken was er nauwelijks plaats voor uitbreiding.

Het Havenbedrijf besliste dan ook om zich definitief uit het oude havengebied terug te trekken. De watergebonden activiteiten werden vervangen door andere en zeer diverse economische activiteiten. Dat gebeurde op een weinig gestructureerde manier, waardoor het gebied nu een eerder verwaarloosde indruk geeft. Hoogste tijd dus voor Nieuw Leven in de Oude Dokken.

Later volgden nog het Schepen Sifferdok (1931) dat na de oorlog  werd verlengd (1961-1968) tegelijkertijd met het graven van het Petroleumdok (1966-1968, werd herdoopt tot Mercatordok). De haven bleef maar groeien, o.m. door het graven van het Rodenhuizendok (1970-1978) en het bouwen van een insteekdok bij het Sifferdok (1980-1982), het  Kluizendok (1996-2005, met 11 windmolens van Citypower) en het verdiepen van de bestaande dokken.