De Vrede van Münster werd ondertekend op 15 mei 1648. Het duurde echter nog tot 1664 om de gedetailleerde grens tussen Noord en Zuid vast te leggen. Het werd opnieuw een rustiger periode, economisch ging het een stuk beter en er was dan ook heel wat polder-activiteit: Koegors-, Nieuw-Zevenaar- en Eglantierpolder, Zaamslagpolder, Canisvlietpolder, Beoostenblij-Benoordenpolder, Sluispolder, Nieuw-Westenrijkpolder, Aan- en Genderdijkepolder, Overslagpolder, Oude Karnemelkpolder, Moerbekepolder, Varempé-, Nieuw Boostenblij-Bezuidenpolder, Nieuw-Karnemelkpolder, Groot Huissenspolder, Klein-Zevenaarpolder.
Er waren echter nieuwe kapers op de kust. Engeland en Frankrijk en de Duitse steden Münster en Keulen hadden een bondgenootschap gesmeed. De bedoeling was de Zuidelijke Nederlanden en de Republiek in te lijven en te verdelen. Om de regio te verdedigen werden opnieuw polders rond Sas van Gent een beetje voorbarig onder water gezet, want de Fransen lieten het stadje links liggen. Uiteindelijke werd hun aanval op Aardenburg afgeslagen.
Naast het onder water zetten was er echter meer schade waardoor bepaalde delen kwetsbaarder werden voor stormen. Op 4 november 1675 verdween Sint-Elooipolder volledig onder de golven. Al een jaar later werd er opnieuw een herbedijkingsoctrooi gegeven.De kleine Sint-Elooipolder zou pas herdijkt worden in 1709.

De polders werden nadien nog veel geteisterd door stormvloeden met een zeer groet stormvloed in 1682. 13 polders overstroomden volledig. Dat gebeurde zowel in het noorden als in het zuiden avn de regio.